La Asociación Deportiva Filial Club de Fútbol Universidad de Costa Rica es un ente deportivo constituido por ley. Fue fundado por decreto presidencial en 1941, tras la iniciativa del entonces presidente de la República, el Dr. Rafael Ángel Calderón Guardia. Se le llamó entones Universidad Nacional.

En el fútbol profesional costarricense es el único equipo de fútbol, que además de haber sido creado por decreto ejecutivo, representa a una universidad pública: la Universidad de Costa Rica; institución de gran prestigio académico, con 6781 funcionarios (administrativos y docentes) y 29, 000 estudiantes activos, sumados a los miles de profesionales egresados.

En 1943 ganó el máximo galardón: el campeonato nacional. En 1956, descendió de categoría por diversas razones. Otro de los momentos más trascendentales para la institución fue su ascenso, nuevamente, a la Primera División en 1973 en el que se mantuvo hasta el año 1976.

Desde entonces, el club se mantuvo en la segunda categoría del fútbol nacional. En los últimos años el equipo recuperó su prestigio convirtiéndose en un fuerte competidor dentro de la Liga de Ascenso de la Segunda División (LIFUSE). En los torneos 1996-1997, 1998-1999 y 2002-2003 clasificó a las fases hexagonales y tanto en 1996 como en mayo del 2003 ganó el sub-campeonato de la Segunda División.

Luego de 64 años de su fundación, el Club de Fútbol Universidad de Costa Rica se confirmó como uno de los equipos con mayor potencial para el ascenso a la Primera División; logrando en mayo del 2007 el ascenso a la primera división.