El Campeonato Nacional 2008/2009 tendrá un Campeón Nacional de Invierno y un Campeón Nacional de Verano. El Campeón de Invierno disputará con el Campeón de Verano una Copa de Campeones ida y vuelta que definirá al Campeón de Campeones de la Primera División. En esta Copa, cierra casa el Club que haya acumulado más puntos al sumar la primera fase de ambos torneos. Si un mismo equipo gana ambos torneos será automáticamente el Campeón de Campeones de la Primera División.

El equipo que quedó de último en la tabla acumulada del Campeonato de Invierno y Verano 2008/2009, descenderá automaticamente a la Segunda División.